Teknoloji Geliştirme Bölgelerinde Çalışan Ar-Ge, Tasarım  Ve Destek Personelinde Stopaj Desteği Uygulamasına İlişkin 331 Seri No.Lu Gelir Vergisi Genel Tebliği Yayımlandı

Evvelce 24/07/2025 tarihli Resmi Gazetede yayımlanan 7555 sayılı Kanunla 01/08/2025 tarihinden geçerli olarak 4691 sayılı Teknoloji Geliştirme Bölgeleri Kanununun geçici 2 nci maddesinin üçüncü fıkrasında yapılan değişiklikle Teknoloji geliştirme bölgelerinde çalışan Ar-Ge, tasarım ve belirli oranda destek personeline çalışan bazında sınırsız olan gelir vergisi stopaj desteği, aylık olarak asgari ücretin brüt tutarının kırk katıyla sınırlandırıldı. Ayrıca bu teşviğin işveren lehine olarak, aylık ücret üzerinden hesaplanan gelir vergisinden, asgari ücret istisnasına isabet eden vergi düşüldükten sonra kalan vergi tutarının muhtasar beyannamede tahakkuk eden vergiden terkin edilmek suretiyle uygulanması sağlanmıştı.

Aynı Kanunla 6550 sayılı Araştırma Altyapılarının Desteklenmesine Dair Kanunun geçici 1 inci maddesinde yapılan değişiklikle 01.08.2025 tarihinden geçerli olarak Araştırma altyapılarında çalışan Ar-Ge ve destek personeline yönelik istisnaya konu edilebilecek ücret tutan, aylık olarak asgari ücretin brüt tutarının kırk katıyla sınırlandırılmıştı.

Bu defa 04/09/2025 tarihli Resmi Gazetede yayımlanan 331 Seri No.lu Gelir Vergisi Genel Tebliği ile söz konusu yasal düzenlemelerin uygulanmasına ilişkin açıklamalar yapılmış olup, önemli noktalar aşağıdaki gibidir.

1-    4691 sayılı Teknoloji Geliştirme Bölgeleri Kanun Kapsamında Gelir Vergisi Stopaj Teşviki ve Damga Vergisi İstisnası Uygulaması:

Ø Bölgede çalışan Ar-Ge, tasarım ve destek personelinin bu görevleri ile ilgili ücretlerinin brüt asgari ücretin kırk katını aşmayan kısmı üzerinden hesaplanan gelir vergisinden asgari ücret istisnasına isabet eden vergi düşüldükten sonra kalan vergi tutarı; verilecek muhtasar ve prim hizmet beyannamesi üzerinden tahakkuk eden vergiden indirilmek suretiyle terkin edilir.

Ø Bölgede çalışan Ar-Ge, tasarım ve destek personelinin ücretlerine ilişkin düzenlenen kağıtların, brüt asgari ücretin kırk katını aşmayan kısmına damga vergisi istisnası uygulanacak olup aşan kısmı ise genel hükümler çerçevesinde damga vergisine tabi tutulacaktır.

Ø Bölgede çalışan Ar-Ge, tasarım ve destek personelinin ücret gelirinin ilgili aydaki brüt asgari ücretin 40 katından fazla olması halinde, terkine konu edilecek teşvik tutarı asgari ücretin brüt tutarının 40 katına isabet eden vergiden ilgili aydaki asgari ücrete isabet gelir vergisi tutarı düşüldükten sonraki kısmıyla sınırlı olacaktır.

Ø Tebliğde verilen üç ayrı örnekte Teknoloji Geliştirme Bölgesinde faaliyette bulunan firmalarda;

-      Yazılım faaliyeti kapsamında haftalık 45 saati geçmeyen çalışmasına ilişkin olarak 1.400.000 TL brüt ücret ödenen personelin,

-      Ar-Ge faaliyeti kapsamında haftalık 45 saati geçmeyen çalışmasına ilişkin olarak 800.000 TL brüt ücret ödenen personelin,

-      Yazılım faaliyeti kapsamında haftalık 45 saati geçmeyen çalışmasına ilişkin olarak 1/1/2025 tarihinden itibaren ayda 1.500.000 TL brüt ücret ödenen personelin,

ücretleri üzerinden hesaplanan gelir vergisinden teşvik kapsamında terkin edilecek tutarın hesabı yer almaktadır.

Ø Terkin tutarına ilişkin hesaplama, Ar-Ge, tasarım ve destek kapsamında çalışan personelin her biri için ayrı ayrı yapılarak Tebliğ  Ek:1’de yer alan "Teknoloji Geliştirme Bölgeleri Kanunu Kapsamında Gelir Vergisi Stopajı Teşvikine İlişkin Bildirim" tablosunda gösterilecek ve bu bildirim muhtasar ve prim hizmet beyannamesi ekinde ilgili vergi dairesine verilecektir.

2-    6550 sayılı Araştırma Altyapılarının Desteklenmesine Dair Kanun Kapsamında Gelir ve Damga Vergisi İstisnası Uygulaması:

Ø 6550 sayılı Kanun kapsamında çalışan Ar-Ge ve destek personelinin bu görevleri ile ilgili ücretlerinin, ödemenin yapıldığı ayda geçerli olan asgari ücretin aylık brüt tutarının 40 katını aşmayan kısmı gelir vergisinden istisna edilecektir. Ayrıca, bu kapsamdaki ücretlere ilişkin düzenlenen kağıtların, brüt asgari ücretin kırk katını aşmayan kısmına damga vergisi istisnası uygulanacak.

Ø Tebliğde verilen iki ayrı örnekte bir Araştırma Merkezinde yürütülen araştırma altyapı projesinde çalışan ve Ar-Ge faaliyeti kapsamındaki çalışmasına ilişkin olarak aylık brüt ücreti 700.000 TL olan destek personeli ve aylık brüt ücreti 1.700.000 TL olan Ar-Ge personelinde ücret ödemelerine ait teşvik uygulamasına ilişkin hesaplamalara yer verilmiştir.

Ø Ar-Ge ve destek kapsamında çalışan personelin her biri için istisna tutarına ilişkin hesaplama ayrı ayrı yapılarak Ek:2’de yer alan "6550 sayılı Araştırma Altyapılarının Desteklenmesine Dair Kanun Kapsamında Gelir Vergisi İstisnasına ilişkin Bildirim" tablosunda gösterilecek ve bu bildirim muhtasar ve prim hizmet beyannamesi ekinde ilgili vergi dairesine verilecektir.